WordPress空の移行を検討していて、さくらインターネットでマニュアルを参考にインストールしました。
同様の事例が起きるかもしれませんので
サイトIDを
WEBROOT/既存のフォルダ
にしないように注記をしていただければと思います。
5頁、さくらインターネットスタンダードプランへのインストールの、インストール場所の決定とアップロードの赤字を読んで少し考えれば分かることではあるのですが、まんまとWordPressのフォルダにindex.phpとim.phpを書き込んでしまいました。
サイトID設定の動きとリンク自分の認識がリンクしていないとやらかしてしまう気がします。