kawaatsuさん,こんにちは。
なかなかレスがつかないので、SoyShopユーザーではないのにのこのこ出てきました。
ご指摘の問題は、サーバーの環境の問題ではなく、SoyShopの仕様上の制限から出てくるものではないでしょうか?
すでに同じ問題が話題になっているスレッドがありますので、目を通されるとよいと思います(「共有SSL」で検索すると出てきますよ)。
viewtopic.php?f=15&t=728viewtopic.php?f=20&t=821おそらく、SoyShopでは、画面遷移のセッション管理をクッキーで管理しているので、異なるプロトコル、ドメインに画面遷移させると有効なクッキーが取得できず、セッションが継続できなくなるのだと思います。SoyShopを改造するか、仕様変更のリクエストをあげるかしないと、解決しないかもしれません。
カートはトップページから共有SSLで運用する思いきりのよさも必要なのかもしれませんね。